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この研究分野で起こった出来事をつづるブログ

ぺたのクリスマスプレゼント

今日はうちの研究室にクリスマスプレゼントが届きました。


トラックにつまれたクリスマスプレゼントです。













みなさんに運んで頂きました。
上あたらないように。気をつけて!









届いたクリスマスプレゼントはなんとハードディスク(HDD)の山です。








最近のシーケンサーの能力はすさまじく、
テラバイトレベルの容量をすぐに食べてしまいます。


そこで我々はシーケンサーのための食料を買い込みました。



なんと物理容量









3.6 PB






 

 

ぺたですよ?ぺた?

 

ご存知ですか?ペタバイト

テラバイトの1000倍です。

3.0 TBのHDDが1,200個あるんです。


















これを詰めるのだけでも大変。
一個ずつ丁寧に入れて行きましょう。





















満タンになりました~。
1筐体に60個で、1ラックに5筐体で、それが4ラックで1200~。
















 
これは2ラック分です。
システムの構築が始まると、すさまじい勢いでアクセスランプが瞬きました。















 

HDDの大フィーバーやぁ~~










信じられないと思いますが、
大フィーバー中の1つのアクセスランプは
3テラバイトのHDDへのアクセスを意味します。

















次世代シーケンサーをお使いの皆さん。
食料の備蓄は大丈夫ですか?






備えあれば憂いなし。






 

 2011/12/26 nakamura shota

まいちゃんが来た!

 

今日は新しい仲間がうちの研究室に入ってきました。



見て下さい。遠くから運ばれてきた新しい仲間です。

 
miseq0001




箱から出て来たのは、なんと!
イルミナの新しいシーケンサーMiSeqの「まいちゃん」です。



早速、Jr君の彼女候補だと思って横に置きました。



miseq0003




その瞬間、まいちゃんから放たれる恐ろしい言葉


 

「私と付き合うなら最低ギガは出さないとね♪」


blog-miseq01

なんとまいちゃんは肉食系女子だったのです。

 





草食系男子のJr君はタジタジです。
blog-miseq02



そうなんです。このまいちゃん。
かわいいみかけによらず一回のシーケンシングで1Gb
(1ギガベース,10億塩基, 1000万リード)を
越えるデータを叩き出します。
 

 




どれくらいかわからないって?

 

 



うちのエースJr君の100人分です。
blog-miseq03






Jr君が100人徒党を組んで戦っても勝ってしまう、
超弱肉強食女子と我々は暮らすことになります。
 

 



まいちゃんがうちの研究室に来たからには
ギガスケールについて行けない研究員には
口も聞いてくれないことでしょう。
 

 



みんな頑張るぞ!
まいちゃんに認めてもらえる男になるんだ!!
 

 



返事がない。ただの屍のようだ。






 

 2011/11/07 nakamura shota

うちのJr君



手前味噌で恐縮ですが、今日はうちのかわいいJr君を紹介します。
 

この子です。




 

454-GSJr








Jr君というのは次世代シーケンサーの1種「454 GS Junior System」です。
2005年くらいから急にシーケンサーの技術が発展し、
とにかくすごい勢いで色々なシーケンサーが登場したのですが、
Jr君の素晴らしいところは、その小ささ!
プリンターみたいですよね。


このプリンターみたいなので、昔は何億円もかかった
細菌のゲノムを数十万円でだいたい決めてしまいます。

 


なんて力強いのでしょう。
このプリンター。





「さあ、これから一緒に頑張ろう」と撫でたら
声が聞こえたように思えました。




 

 

454-GSJr.jpg









はい。すみません。

 

 

 

 


 

 2010/09/02 nakamura shota

ニューマシン!

 

DELLさんのご協力でニューマシンが手に入りました!

アセンブル専用の新しい計算機です。

ドキドキして箱を明けますと、

 

dell01

 

 

こんにちは!ニューマシン!

 

 

さっそく取り付けるためのレールを付けました。

 

 

 

dell01

 

 

 

このレールの取り付けやすさが素晴らしい!!

驚きのドライバーいらずの、ネジいらず、

色々なところで進化していくものなんですね。

 

 

 

 

dell01

 

 

 

お、重い!!

 

 

 

 

 

dell01

 

 

無事取り付けて、電源を付けました。

 

 

 

dell01

 

 

 

 

輝く文字 ”System booting” 

素晴らしいですね。

何がすごいって

 

 

この計算機、

 

 

 

メモリ256GB!

 

 

 

ハードディスクじゃありません。


ほら見てみて下さい。


メモリチェックプログラムで認識したこのメモリサイズ!

 

 

dell01

 

 

確かに256GBです。

メモリが256GBになりました。

これでどんなゲノムサイズもデータもどんとこい!!

になったらいいですね。

 2010/05/07 nakamura shota

台湾での自慢

Blog開始記念に少し自慢を。

少し前のことになるのですが、台湾で行われた若手のオミックス研究の学会

AYRCOB2010に参加してきました。

皆さんにも台湾の雰囲気を味わって頂こうと思い、選んだ1枚。

 

 

taiwan-sakana

 

どうですか!

素晴らしい。鯉のエサの自動販売機です。

思わず買ってエサをやってしまったのは言うまでもありません。

 

 

この学会で、なんと賞を頂くことができました!!

ayrcob2010

 

 

なんて直接的な褒められ方、

 

 

 

 

 

 

表現優良

 

 

 

 

 

漢字って素晴らしいですね。

正しくは読めませんが、雰囲気がしっかり伝わってきます。

 

 

 

 2010/04/29 nakamura shota

WEBページ公開

WEBページを公開することができました!

このWEBページはBaserCMSというコンテンツマネージングシステム(CMS)を使っています。

国産のオープンソースのCMSで最近開発され、気軽にBLOG機能やFEED機能が使えます。

皆さんもよろしければ是非お使い下さい。

 2010/04/23 nakamura shota

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